主管全国的保密工作部门是国家保密局（National Confidentiality Administration），它是中华人民共和国国务院设立的主管全国保密工作的职能部门，负责制定保密工作方针政策、法规标准，指导和监督全国的保密工作。
国家保密局的直属上级是国务院，其主要职责包括：
- 制定和实施国家保密工作的法律法规；
- 指导和监督全国的保密工作；
- 管理国家秘密的确定、变更、解除；
- 监督和检查保密工作的执行情况；
- 组织开展保密宣传教育和培训；
- 协调处理保密工作的重大事项。
国家保密局的办公地点位于北京市，是国家重要的保密工作机构之一。